一般把从自然界中，首次通过孢子分离或组织分离而得到的纯菌丝体称为母种，或称一级种。它是菌种类型的原始种。原始母种通过移接(转管)成数支试管(斜面)种，这些移接的试管种，亦可称为母种。
1．母种常用培养基的分类
常用的食用菌母种培养基有三种：马铃薯葡萄糖琼脂培养基（PDA培养基）、马铃薯蔗糖琼脂培养基（PAS培养基）和马铃薯综合培养基。
2．培养基的制作步骤
首先，将马铃薯洗净，削去皮与芽眼，切成薄片，加水1000mL，在锅内煮沸后保持20min，用4～8层纱布过滤。
其次，继续用小火加热，并准确称量其余药品，加到马铃薯汁中搅匀，琼脂粉最后加入（如果用琼脂条，需要边加热边搅拌，使其完全溶解，然后再加其余药品），加热使其完全溶化，补足水量至1000mL。
再次，分装试管。将培养基趁热倒入漏斗中或分装器中，分装试管。试管的装量大约为1∕5，各支试管装量一致。然后5～10只捆成一捆，准备灭菌。
第四，把捆好的试管塞上棉塞，放进灭菌锅进行灭菌。灭菌结束后，打开灭菌锅取出试管，在干净的房间里把试管摆成斜面，斜面一般是试管长度的1∕2左右，不得超过3∕5，然后放入培养箱35~37℃培养一天，检查无污染后保存待用。3、种菇的选择与种菇分离
★种菇子实体的选择首先要考虑选取符合本品种典型特征的个体；其次要在出菇早、出菇均匀、生长旺盛的菇木和菇床上挑选；第三要求朵型正常，菌盖肥厚，菌柄短壮，无病虫害。野生菇木的选择应选出菇多而无杂菌生长的幼龄菇木。
★选择好种菇以后，要进行菌种的分离。常用的分离方法有：组织分离法、孢子分离法和菇木分离法等。
（1）组织分离法选菇型正常、发育健壮、中等成熟的平菇子实体，表面消毒后，在接菌箱内掰开。用接种针在菌盖和菌柄交界部位中间挑取一小块组织放在试管的斜面培养基上，在25℃的恒温箱中培养，即可萌发形成菌丝，再经提纯移接于新的斜面培养基上扩大培养即成母种。
（2）孢子分离法此法为直接挑取担孢子培养或者通过孢子收集器收集孢子，然后在培养基上培养，获得母种。
（3）菇木分离法将菇木（已长菇的木段）截取带回实验室，风干或晾干，因为野生平菇多发生在近地枯木朽桩上，菇木的含水量较高，表面带有一层湿土，风干处理会减少以后分离物的污染。表面风干后再轻轻敲掉沾附的土和杂物。然后剥掉树皮，削去表层木质部。选取菌丝洁白、浓密的部位切取菇木的中间部位，然后锯成3cm厚的薄片。带有菌丝的木块即为分离材料，带进无菌室进行分离。取选好的菇木小薄片，用75%酒精擦洗表面消毒，之后放入0.1％的升汞内消毒1～2min，再用无菌水洗去升汞残液。随后将其截成如火柴梗大小的小木条，移接在斜面培养基中央。经25～27℃恒温培养，待菌丝生长后，再行转管培养。
3．母种的培养与选择
将分离得到的菌种接入试管后，放入25℃的培养箱中培养。采用组织分离法和菇木分离法，2~3d即看到菌丝生长，孢子分离法须一周左右才能用肉眼看到孢子萌发。此时即应检查菌丝生长情况，淘汰污染的及未萌发菌丝的试管，挑选菌丝发育健壮的试管分离扩大培养。
培养好母种后，除用肉眼观察菌丝长势强弱外，还应做好瓶栽出菇试验。将母种接到装有灭菌棉籽皮或木屑培养基的菌种瓶内，置于25℃恒温箱中培养。菌丝长满瓶子后，置于15～18℃有光亮的地方培养。观察子实体生长情况，选择长势旺、出菇快而多的株系扩大制种。
3、原种和栽培种的分离与培育
把母种移接到木屑、谷粒、棉籽壳、粪草等瓶(袋)培养基上培养而成的菌种称为原种，或称二级种。它是母种和栽培种之间的过渡种。把原种扩接到相同或类似的材料上，进行培养直接用于生产的菌种称栽培种，或称三级种。
1．培养基的种类
原种和栽培种生产，常用的培养基有棉籽壳培养基、木屑麸皮培养基、麦粒菌种培养基和种木培养基。
2．培养基的灭菌和接种
培养基制好后，采用湿热灭菌的方法，杀死培养料内杂菌及孢子。