随着现代生物技术的飞速发展，新技术对食用菌菌种的选育起到了革命性的作用。菌种选育目前较为先进的技术主要有基因工程育种和菌种脱毒两个方面。
（1）基因工程育种
尽管食用菌转基因研究起步较晚，但多种主要栽培食用菌已建立了遗传转化体系，如双孢蘑菇、糙皮侧耳、杨树菇、草菇等，其所利用的选择标记或为抗药性标记基因、或为营养缺陷型标记基因。外源抗药性基因导入香菇体内的研究，初步建立了香菇的遗传转化体系，为利用基因工程手段定向培育抗病虫、高产、优质的香菇新品种提供了一条新途径。基因工程应用于食用菌育种的技术将会得到更大应用和推广。
（2）菌种脱毒
食用菌菌种脱毒技术，丰富了菌种的选育手段，有广阔的应用前景。经“脱毒”的菌种能够减慢菌株的“退化”。菌种脱毒的原理是采用先进的尖端分离技术，配合对成熟菌丝体不同阶段、不同形态自然生成物的分离技术，选用不同基质，使接入菌种有条件进行选择性生长，并经2～4个循环后，使该菌种彻底摆脱其携带的病毒、病菌，恢复其原本的生物学特性。目前，“脱毒”菌种的品种尚少、菌种脱毒的数量太少，要适应产业化大生产还需不断开展菌种的脱毒研究工作。
2．栽培料的研究和选用
目前，食用菌栽培料选用的范围不断扩大，不仅仅限于传统的栽培料，工农业废料也得到了广泛利用，而且食用菌生产下脚废料也可以用于生产。经济、来源广泛的栽培料，不仅极大地降低了生产成本、加速食用菌大规模生产，而且为资源的可持续利用开辟了一条新道路。
（1）以工农业废料作为栽培料
（2）食用菌废料重复利用研究
食用菌废料重复利用就是用食用菌废料重新栽培食用菌。
3．食用菌栽培模式
（1）周年栽培
食用菌周年生产模式，实现了生产供应淡季不淡，达到周年供应的目的，增强了我国食用菌产品在国际市场上的竞争力，满足国内外消费者日益增长的消费需求，特别是对新鲜食用菌的需求。如:塑料大棚周年栽培、室内周年栽培等，均获得了显著的经济效益。
（2）仿野生栽培
仿野生栽培是一种人工配料播种、半保护栽培条件下的近野生栽培方式。通过与自然界紧密接触，开放式生产，子实体可充分享受大自然的温热及风吹，在保证产品的外观质量前提下，大大地提高了产品的内在质量。大田仿野生栽培平菇、鸡腿菇技术已较完善，尚待解决的问题主要是温度控制，要适应周年化、规模型、大生产的要求，该技术仍须进一步完善和提高。
（3）液体菌种应用于栽培
六`食用菌菌种的来源与培育
1、食用菌菌种的分类与制作流程
制种是食用菌生产最重要的环节。常言道：“有收无收在于种，收多收少在于管”，可见菌种在生产中的重要性。在食用菌生产过程中，菌种好坏，直接影响食用菌的产量和质量。因此，培育优良菌种，是提高食用菌生产水平的重要环节。人工培养的菌种，根据菌种培养的不同阶段，可分为母种、原种和栽培种三类。
★制作菌种的具体操作工艺流程：
母种培养基制备→高压灭菌→接种→筛选提纯→原始种→中试后确定母种
↓↓
———转管扩接←保贮
原种培养基制备→高压或常压灭菌→接种→培养→原种
栽培种培养基制备→常压或高压灭菌→接种→培养→栽培种
2、母种的分离与培育