标本采集后应尽快采用多种分离方法获取菌株，随后，立即用平板做拮抗试验（即分离的菌株菌丝两两配对接入同一平板培养基内），适温培养，经十余日，不同菌株的菌落内是否出现拮抗线，同时还可在平板或生长测定管上测定菌丝生长速度及对温度的反应。
（3）菌株比较
比较各菌株的优劣，详细记录各菌株的产量、菇形、温性、干鲜比、始菇期、菇潮间隔、形态等。为了试验的准确性，要保证菌种的质量，培养基配方，接种，管理措施等可能影响结果的因素，尽可能使之一致。试验还应按生物统计原理进行安排。
（4）扩大试验
上述的品种评比结果仅是个阶段性的成果，还应和当地的当家菌株同时进行栽培，证实它是更优良的菌株。
（5）示范推广
经扩大试验后，将选出的优良品种放到有代表性的试验点进行示范性生产，待试验结果进一步确定之后，再由点到面推广。
（二）诱变育种
出发菌株→生理性能测定→品种比较试验→扩大、示范推广
（三）杂交育种
1、原理
食用菌的杂交是指不同种或种内不同株系之间的交配，后者则理重要。
2、方法
选择亲本→单孢子分离→单孢子杂交配对→转管繁殖→初次筛选→复筛→小面积栽培试验→大面各示范推广→定名申批
1、选择亲本
2、单孢子分离
3、单孢子杂交配对
4、转管繁殖
将可亲和的组合移入新的斜面保存备用。
四极性的异宗结合的食用菌，由于自交不育，经配对后，凡出现双核菌丝的组合，并能正常结实者，即证明杂交成功。
次级同宗结合食用菌（如双孢蘑菇），首先经过单孢子分离、培养，获取不孕菌丝。随后进行不孕性菌丝间的配对。
5、初次筛选
经过初步筛选，淘汰大部分表现一般的菌株。
经初筛后再做出菇试验比较，选出优良菌株。
6、复筛
通过栽培比较，选出少数性能优良的菌株。出菇鉴定包括如下几个方面：
①菌丝生长速度：
②出菇菌块（袋）的表型特征：
③子实体表型特征：
④测定其最适生长温度、湿度等。
⑤计算子实体的产量
7、小面积栽培试验
将复筛菌株置于不同地域的栽培区进行栽培，以考察其适应性与性状的稳定性，并做相关的详细记录。
8、大面各示范推广
逐步扩大栽培面积，进行示范性的推广，将种性优良、优质高产的菌株逐渐定为当家菌株。
9、为确定保留下来的杂交新品种正式定名，并申请有关部门批准。
（四）育种新技术
1、基因工程
2、原生质体融合技术
细胞工程重点研究和开发的是细胞融合技术和细胞培养技术。细胞融合技术是人们按照需要，使两个不同遗传特性的细胞，融合成一个新的杂种细胞，从而人工构建新型细胞，这个细胞兼有两个亲代细胞的遗传特性
四、食用菌扩大培养与保藏
引言：从外地购进或分离获得的母种数量有限，不能满足生产的需要时，要对初次获得的母种进行扩大繁殖，以增加母种数量。
一、菌种扩大
把接种物移至培养基上，在菌种生产工艺上称接种。
在栽培工艺即生产中称播种。
条件：无菌操作（接种箱或超净工作台、酒精灯火焰周围10cm）
1、母种扩接方法（超净工作台内接种，由试管到试管）
将试管菌种接到新的试管斜面上扩大繁殖，称为继代培养，转管。
程序：P43
（1）消毒手和菌种试管外壁。
（2）点燃酒精灯。
（3）用左手的大拇指和其他四指并握要转接的菌种和斜面培养基，在酒精灯附近拔掉棉塞。
（4）在酒精灯灼烧接种锄和试管口。
（5）冷却接种锄，取少量菌种（绿豆大小），至斜面培养基上。
（6）塞上棉塞，贴好标签。
整个过程要快速、准确、熟练。
1支→30支
2、原种扩接方法（超净工作台内接种，由试管到瓶或塑料袋）
（1）消毒手和母种试管外壁。
（2）点燃酒精灯。
（3）拔掉母种棉塞，在酒精灯火焰上灼烧试管口和接种锄，将母种固定。
（4）拔掉菌种瓶棉塞，取2块1cm2菌种，至菌种瓶内。
（5）塞上棉塞，贴好标签
1支母种→10瓶原种1瓶原种→20瓶栽培种
3、栽培种扩接方法
（1）原种瓶棉塞进行消毒处理。
（2）消毒手和原种瓶外壁。
（3）点燃酒精灯。
（4）拔掉原种棉塞，在酒精灯火焰上灼烧原种瓶口和接种匙，将原种瓶固定。
（5）拔掉菌种瓶棉塞，将表面的老菌种块和菌皮挖掉，用接种匙捣碎菌种，取满勺菌种至栽培袋内。
（6）塞上棉塞，贴好标签。
三、菌种培养中常见的异常情况及原因
1、母种常见的异常情况及原因
（1）培养基凝固不良
（2）接种物不萌发
（3）菌种生长过慢或长势不旺
（4）菌种生长不整齐
（5）细菌污染
（6）真菌污染
2、原种和栽培种常见异常情况及原因
（1）接种物不萌发，菌种被烫死或接种时培养料的温度太高。
〈1〉瓶壁出现不规则的杂菌群落，主要是灭菌不彻底所制。
〈2〉在培养料面出现杂菌，是由于接种过程中未达到无菌操作要求而造成污染。
〈3〉接种块上发生杂菌，是由于菌种不纯带入杂菌而引起的。
〈4〉瓶内菌丝长到半瓶而不再向下延伸，由于培养基料中水量过高或装瓶时培养料压得太坚实而致。
五、食用菌栽培新技术
1．菌种选育