发菌期间的管理是香菇栽培成败的关键，主要抓住保温和通风换气两个中心环节。此时室内保持暗光，用草帘等挡好窗户，严禁直射光照射，并关好门面，温度保持5℃以上，相对湿度在70%以下。当室外温度高于室内温度时，中午可打开门窗通风1～2h，既保证室温，又可交换新鲜空气，虽然此时温度低，菌丝生长缓慢，但不易污染杂菌。经过15～25d的培养，表面菌丝发育及早使栽培块全部封面，当栽培块表面全部浓白后即可进入转色管理。
栽培块转色管理的好坏是决定香菇产量高低的关键，要使栽培块转色好，首先是栽培块菌丝必须健壮，浓密又不徒长，再配合好温度、湿度、光线和空气的管理。当栽培块表面菌丝浓白刚形成一层菌膜时，控制室温在15～25℃之间，并增加散射光强度，将塑料膜时开时包，以拉大栽培块表面的干湿差，造成干干湿湿的条件，让基本成熟的菌丝多与光和干燥的空气接触，使这层浓白级状的菌丝倒伏，分泌色素形成一层薄的红棕色、具有光泽的膜。
转色过程中必须将菌块上的积水排除，以免菌丝徒长，不倒伏、不转色，或淹没菌块底部菌丝。同时也要防止菌块上部过干，菌丝不转色。在转色过程中，菌块吐水，表面出现大量红棕色积水，要及时倒掉或用棉球或纱布吸干。
（4）出菇阶段管理
此阶段的技术要点：一是当菌丝生理成熟，菌块表面菌丝转色后，去掉塑料薄膜；二是一般当菌块含水量降到40％以下时，就可以浸块。浸水地的大小可根据栽培块的数量及烘干条件而定，数量不大时可用缸浸块，浸水时菌块立放，整齐排列，一般不过三层，摆好后，上面放木条或木板，均匀压好石头后再加水。以井水为好但水温不能低于5℃。三是在保温保湿条件下，一般2～6d菇蕾大量出现，当菇盖长到2～3cm以后，揭掉上盖的塑料膜，让菇长大。揭膜时间根据菇蕾生长情况而定，揭膜过早菇蕾小，空气干燥时，容易死亡；揭膜过晚，光线弱，空气不流通，菇盖小，菇柄长，质量差。
4.间歇期管理
技术要点：一是第一潮菇采收后，让菌块继续干燥恢复菌丝生长，当浓白的菌丝开始变成淡红棕色，又可以开始浸水催菇。如果坑周围菌丝不恢复生长，说明采菇时菌块含水量低，应适量喷水，恢复菌丝生长后再浸水催菇。二是一般菌块可进行3～4次浸水催菇，每次的间隔时间应增长，要避免浸水时间过长造成菌块松散。
5.病虫害及杂菌的综合防治
对香菇病虫害的防治，应以预防为主。选用抗菌力强的菌株；培养基质和培养场所必须经常消毒灭菌；作好菇房的管理工作，合理调节菇房的温度、湿度以及通风换气。以木屑为基质的室内栽培，危害杂菌主要是霉菌。常见的有绿色木霉、粉绿木霉和康宁木霉等。
（1）若在菌块的菌丝愈合时发现霉菌，可不必急于处理。待菌丝愈合好后，加强菌块通风换气使其降温，让霉菌失去最适的生长条件。
（2）若霉菌出现在菌块表面而又未伸入块内时，可用pH值8～10的石灰清水，擦洗去掉霉菌，改变其pH值抑制霉菌的生长。
（3）如霉菌污染严重，并已伸入菌块内部，则应采取挖去霉菌部分，然后补入栽培菌种，使香菇占有生长优势而抑制霉菌的生长。
（4）个别菌块霉菌发生特别严重时，应立即拿到菇房外，尽量以石灰清水洗净，然后晾干，再补接栽培种。
九金针菇栽培实例
1、金针菇栽培的基本情况
金针菇（Flammulinavelutipes）又名冬菇、构菌、朴菇，属担子菌纲，散菌目，口蘑科，金钱菌属。平菇肉质肥嫩、味道鲜美、营养丰富，是高蛋白低脂肪的保健食品。
金针菇是目前世界上第四大食用菌，属于木材腐生菌，易生长在柳、榆、白杨树等阔叶树的枯树干及树桩上。在自然界广为分布，中国、日本、俄罗斯、欧洲、北美洲、澳大利亚等地均有分布。在中国北起黑龙江，南至云南，东起江苏，西至新疆均适合金针菇的生长。
2金针菇的生长发育与常见的栽培品种
金针菇是一种异宗结合的食用菌，有性阶段产生担孢子。每个担子产生4个担孢子，有4种交配型（AB、ab、Ab、aB），性别不同的单核菌丝之间进行结合，质配后，形成每一个细胞有2个细胞核的双核菌丝。双核菌丝发育后，菌丝扭结形成原基，并逐渐发育成子实体。子实体成熟后，又会从菌褶中散发出孢子，继续完成新一代（图4-6）。