1、滋生细菌，传染疾病：由于风道通过出风口、回风口与室内形成相对封闭空间，风道内的灰尘（一般肉眼看不见）及病菌会随着空调风吹到房间各个角落，逐渐变成室内空气的污染源。同时某一个房间的病菌也容易随着空调循环风吹到其他房间形成交叉感染。如：非典期间国家卫生部命令停开室内所有无新风的中央空调，防止疫情传播。1976年美国费城的军团菌大爆发，事后研究认定其传染源就是该市某会场内的中央空调。
2、风阻加大、损耗能源：空气在风道内流动，由于粘性及流体的相对运动，因而产生了内摩擦力，空气在风道内流动过程中，就要克服这种阻力而消耗能量。
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