《三打白骨精》的剧本是个巨大的考验，原著的情节中，从上部孙悟空大闹天宫被压在五行山下之后，直到三藏出世，经五行山、鹰愁涧、高老庄、流沙河师徒四人齐聚，中间还有黑风山、黄袍怪、万寿山等几处劫难，其后才遇到了“尸魔”白骨精，共有将近20回的内容要容纳到一部电影之中，这么多耳熟能详的经典故事，如何剪裁、如何取舍、如何衔接、又如何令其顺理成章，对世界上任何一个编剧和导演而言，都是极其棘手的难题。更何况，仅仅合理化只是最低要求，还要精彩有趣，让角色摆脱陈腐的传统价值观。这一个又一个巨大的挑战，都在导演和剧组团队的努力奋战之下一一得到了解决。
《三打白骨精》把握住了原著本身的精华，“三打妖皇”的正邪冲突是故事矛盾冲突的主线，师徒四人不同价值观的对立是副线，孙悟空三打白骨精的“三打”是让故事一步步踏向高潮的节奏器，唐僧惩罚悟空行动的“三打”是主题和人物性格一点点深化的发动机。在影片结尾，主创饱含深意地对情节进行了一个全新的改编，这个反转，让《西游记》本身妖性与佛性的对抗主题，产生了一个巨大的升华，从此妖佛合一、杀佛即是杀妖，杀妖也是度妖，所有的隔膜在这一刻化为释然，正如导演郑保瑞所说：“所有东西最后都会回到一个点，都是我们所说的宇宙大爆炸。成全了所有东西，又解决了这个电影所有的问题，关系问题，妖精的问题，唐僧的问题，孙悟空自身的问题，团队的问题，正邪的问题。”
导演谈
我拍电影，不管它是多复杂的故事，我心里都会有一个节奏，整个电影的节奏，那个节奏怎么能把观众拉得住，比如说高老庄和流沙河，当然这都是大家很喜欢的桥段，但是因为节奏，我们不能表现得太多，这样的话，真正的故事就会很长很长，还有一个就是要有节奏把这些人拉在一起，你把他们遇到的那场戏发挥并且有打戏什么的，能把观众拉住，而不是遇到他就说“猪八戒，走吧，上路吧”，不能这样，我们把一部分放在同一个地方，做一些改变，都是一种考量，让电影更丰满，所以它也能给人一种不同的地方。我心里的那个节奏就是控制着观众看的情绪。
还是多谢编剧，他们的每一稿借鉴很多东西，给了导演很多不同的选择。但是怎么把握怎么选择，这个过程是我自己心里的节奏，不能够太单薄，应该是丰富的，不能多余，要全是有用的。我尤其喜爱冉平老师那一稿，但是内容太丰富，容量太大了。
第一个粗剪版三个半小时，我《杀破狼2》第一版是4个小时，剪掉一半，因为我拍戏的过程是这样的，我不想后悔，所以我想到的都会拍出来，拍得仔细一点，后来才有机会在剪辑上面重新讲这个故事，在剪辑的过程里面，给我们机会把这个故事再讲一遍，在这个过程中，有机会会发现之前想的东西是多余的，有影响到主线的节奏，就不能要。（口述：郑保瑞）
第二打 特效美术
一场精准华丽的冒险
电影《三打白骨精》的CG特效，从最终效果来看，基本可算作目前国内电影特效成熟的标杆。一直以来，中国电影的“五毛钱”特效被观众诟病良久，虽然在技术设备上几乎与好莱坞相差无几，但最终的结果，却往往土气花哨、漏洞百出。从严格的意义来说，中国特效的技术水平，已经基本过关，所差的是审美和创意。“西游”巨大而丰富的魔幻世界，在每个中国人的脑海中都曾转过几个弯，但截至目前，也只有《三打白骨精》能将之靠谱地挥洒一二，不露怯，不流俗，并且颇具创意和气势。
影片的特效团队共1500人，前后共做了大概一年，郑保瑞觉得“拍摄《大闹天宫》时问题有很多，所有的评论我都看了，这是我们要面对的，这就是我们的问题。如果要拍摄第二部还不能弥补那些问题，那第二部直接都不应该拍！”教训化为了经验，铺张的加法变作了精准的减法，《大闹天宫》制作成本约为4亿，其中特效镜头约为2300个，同样的制作成本下，《三打白骨精》的特效却减少到1300个。好钢用在刀刃上，想法不必全实现，这才是最合理的工业办法。郑保瑞解释道：“我们把所有特效主要都放在了需要放的地方，哪怕是有特效的镜头，我都不想去做多余的东西”。
■ 特效数字化
巩俐特效化妆需要5到6个小时，从中午11点开始化，化完晚上拍夜戏。有时候，带妆拍戏要连续拍20个小时。
巩俐的老年妆要化8个小时，卸妆要3个小时，整场戏拍了8天，化妆用了4天。
小沈阳的2套造型，一是自己的本来面目美男妆，二是猪脸妆。猪脸妆刚开始需要5个小时左右，卸妆要1个小时。
郭富城的“猴装”前期要化7个小时，后期可以加快速度到4个半小时。
孙悟空的脸，特效部门一共雕了16个不同的鼻子。
悟空妆有2种隐形眼镜。一种是全幅隐形镜片，能覆盖郭富城的整个眼睑，一种是手工的上色镜片。
孙悟空的肌肉是特效部门仿造出演员的体型，在上面塑型，然后再涂满乳胶，整个像是一块海绵。每次使用需花6个小时把它烘干。
特效化妆部门共有13人，实际上大部分时候只有12个，特效化妆指导把他们称为“12脏人”。
3个扮演女妖精的演员的化妆外层很薄，没有任何御寒功能，有一场戏，她们在冬天室外的寒风中拍了12个小时。
第三打 人物改造
一段透析灵魂的旅程